Im Sommersemester 1878 wurde im Convent der akademischen Verbindung Sauerlandia von einem Teil der Mitglieder beantragt, den Grundsatz der unbedingten Genugtuung einzuführen. Da der Antrag fiel, traten am 25. Juli 1878 8 Mitglieder aus und gründeten am 1. August 1878 die farbentragende Studentenverbindung Franconia, die die unbedingte Genugtuung mit eigenen Waffen in ihren Satzungen festlegte. So wurde sie die erste farbentragende Korporation mit unbedingter Genugtuung und eigenen Waffen in Münster.

Franconia wählte zuerst die Farben schwarz-rot-gold, nahm aber aus lokalpolitischen Gründen bald darauf die Farben violett-weiß-rot an. Franconia nannte sich kurz nach der Gründung Burschenschaft und nahm den Wahlspruch "Ehre, Freiheit, Vaterland" an. Als Waffenspruch wählte sie: Hosti pectus, cor amico!

Während des 1. Weltkrieges ruhte der Aktivenbetrieb, doch nach Kriegsschluss wurde der Bund wieder aufgemacht und es war unsere Burschenschaft, die als erste Korporation in Münster wieder Farben trug.

In den folgenden Jahren erlebte Franconia eine ungeahnte Blüte. Die Zahl der Bundesbrüder nahm ständig zu. Der seit 1885 bestehende Altherrenverband gegründete den Frankenhaus e.V. und entschloss sich, ein Verbindungshaus zu erwerben. 1924 konnte Franconia ihr eigenes Haus in der Himmelreichallee 47/49 beziehen. Es ist seitdem Mittelpunkt unseres Bundeslebens.

Als Vorsitzende der Deutschen Burschenschaft 1933/34 war es uns als Franken auferlegt, an der Zerschlagung der wegen ihres Individualismus von den Nationalsozialisten nicht geschätzten Korporationsverbände mitzuwirken. Die Deutsche Burschenschaft löste sich 1935 auf der Wartburg in Eisenach auf, die Einzelburschenschaften sollten als Kameradschaften dem NSDStB eingegliedert werden.

Im Sommersemester 1936 teilte unsere Aktivitas dem Rektor der Universität die Auflösung der Burschenschaft Franconia mit. Es gab keinen Aktivenbetrieb mehr. Im Herbst 1944 wurde die Universität nach schwerem Bombenschaden nach Bad Salzuflen ausgesiedelt. Unser Frankenhaus wurde Obdachlosenasyl und 1945 zu einer Kantine des Oberpräsidiums.

Gegen Ende des Sommersemesters 1950 durften wir uns wieder offiziell Münsterer Burschenschaft Franconia nennen. Im Wintersemester 1951/52 nahmen unsere Bundesbrüder den Fechtbetrieb wieder auf, im Sommersemester 1952 wurde Franconias erste Bestimmungsmensur nach dem Krieg gefochten.

Am 1.Oktober 1952 konnten wir das Frankenhaus wieder übernehmen. Es wurde am 8.November der Aktivitas offiziell und feierlich übergeben. 1958 wurde es anlässlich des 80. Stiftungsfestes ausgebaut und wesentlich erneuert.

Auf dem Burschentag 1952 in Bingen, die Deutsche Burschenschaft war 1950 wiederbegründet worden, wurde das Freundschafts- und Arbeitsabkommen mit der Wiener akademischen Burschenschaft Libertas geschlossen. Es besiegelte eine Freundschaft zwischen Franconia und Libertas, die schon in den ersten Jahren nach dem 1. Weltkrieg begann.

1961 war wir Mitbegründer der Burschenschaftlichen Gemeinschaft, die einen Zusammenschluss von Burschenschaften Deutschlands und Österreichs darstellte.
Für das Geschäftsjahr 1969/70 übernahmen wir erneut den Vorsitz in der Deutschen Burschenschaft. Die Vorsitztätigkeit fiel in eine Zeit, in der sich immer deutlicher Auflösungserscheinungen unseres Dachverbandes bemerkbar machten. Einzelburschenschaften und auch ganze Kartelle verlangten die Aufgabe der Mensur und anderer korporativer Prinzipien.

Aus der Deutschen Burschenschaft sollte ein politischer Aktionsverband werden. Diesem Ansinnen traten wir von Anfang an entgegen.
Unsere Bundesbrüder nutzten die Vorsitztätigkeit nicht, um die DB in ihrem Sinne zu beeinflussen oder gar den Spaltungsprozess zu fördern. Vielmehr war unser Bund Mittler zwischen den verschiedenen Lagern.

Das letzte große Ereignis war das 150. Stiftungsfest unseres Freundschafts Bundes in Wien, der Wiener akad. Burschenschenschaft Libertas.